Osnovan 1832. godine kao drugi najstariji muzej u Hrvatskoj i jedan od najstarijih u ovom dijelu Europe. U njemu su izloženi predmeti iz rimskog doba i prapovijesni arheološki materijal iz paleolitika, neolitika i metalnih doba, kao i arheološki ostaci od 7. do 12. st. od kojih se najveći dio veže uz materijalnu i duhovnu baštinu Hrvata.

Muzej ima stalni postav, restauratorsku i preparatorsku radionicu, te knjižnicu, a u sklopu muzeja djeluju i Muzej ninskih starina i Zavičajni muzej Benkovac.

Arheološki muzej Zadar smješten je u novosagrađenoj zgradi u središtu povijesne jezgre rimske Iadere, u blizini rimskog foruma i kapitolija, te glavne zadarske ulice Kalelarga. U neposrednom susjedstvu muzejske zgrade nalazi se romanička katedrala Sv. Stošije, samostan i crkva Sv. Marije sa Stalnom izložbom crkvene umjetnosti "Zlato i srebro grada Zadra", te predromanička crkva Sv. Donata. Po vrijednosti fundusa i područja istraživanja jedan je od najznačajnijih muzeja u Hrvatskoj.